Janusz Kotowski został wybrany na urząd Prezydenta Ostrołęki w II turze wyborów samorządowych w dn. 26.11.2006 r., uzyskując poparcie 68,3% wyborców (9662 głosy). Uroczyste ślubowanie i objęcie urzędu nastąpiło 4.12.2006 r.
Kadencja prezydenta miasta trwa tak jak w przypadku Rady Miasta 4 lata.

Prezydent miasta wykonuje uchwały Rady Miasta i zadania Miasta określone przepisami prawa, kieruje bieżącymi sprawami Miasta i reprezentuje je na zewnątrz. Jako Kierownik Urzędu wykonuje uprawnienia zwierzchnika służbowego w stosunku do pracowników urzędu oraz kierowników miejskich jednostek organizacyjnych.

I zastępcą prezydenta Ostrołęki jest Paweł Stańczyk, który odpowiada za sprawy związane z gospodarką komunalną, inwestycjami i zamówieniami publicznymi.

II zastępcą prezydenta Ostrołęki jest Grzegorz Płocha, który odpowiada za sprawy związane z gospodarką nieruchomościami, komunikacją i transportem, sprawami społecznymi, kulturą, sportem i turystyką.

Janusz Kotowski ukończył I Liceum Ogólnokształcące im. Gen. Józefa Bema w Ostrołęce, a później studia filozoficzno-teologiczne i podyplomowe ekonomiczno-menedżerskie. Przez kilkanaście lat zawodowo związany z oświatą. Był nauczycielem w kilku ostrołęckich szkołach średnich, współzałożycielem i dyrektor Społecznego Liceum Ekonomicznego. Prowadził zajęcia z filozofii, socjologii i języka niemieckiego dla studentów. Pracował jako wicedyrektor i kierownik hali Miejskiego Ośrodka Sportu i Rekreacji w Ostrołęce.

Z samorządem miejskim związany od 1998 r. kiedy po raz pierwszy został radnym
i Przewodniczącym Rady Miasta Ostrołęki. Pełnił tę funkcję nieprzerwanie także w następnej kadencji, aż do czasu objęcia funkcji Wicemarszałka Województwa Mazowieckiego (2005 - 2006), na Mazowszu odpowiadał za sprawy kultury i ochrony środowiska.

Jest członkiem partii Prawo i Sprawiedliwość.

Prezydent Kotowski jest żonaty, ma dwóch synów i córkę. Oprócz zaangażowania społeczno-samorządowego jego pasją jest niezmiennie piłka nożna, filozofia i teologia, turystyka górska uprawiana w Tatrach.